前作から10年。猿はシーザーを中心に勢力を拡大し、文明とともに進化を遂げていた。 『猿の惑星:創世記(ジェネシス)』では、猿のシーザーの成長と人類の衰退をシーザーの視点から描かれていたが、本作ではシーザーが知性溢れるリーダーとなり、人類と共存共栄を望みながらも家族と仲間を守るため、複雑な葛藤に直面し決断をする姿が描かれている。クライマックスの猿と人類の枠を越えた友情は感動的で、ラストシーンに切なさを感じることことだろう。
高度な知能を獲得した猿のシーザーは、仲間を率いて傲慢な人類への反乱を起こして10年後、猿たちはサンフランシスコ郊外の深い森に巨大なコミュニティを築いていた。 人類は世界中に広がった謎のウィルスの影響でほとんどが死滅し、わずかに免疫を持ったモノだけがサンフランシスコ都市部のコミュニティに暮らしていた。 そんなある日シーザーの息子ブルーアイズが森で人間と遭遇したことで平穏が打ち破れる。
シーザーの片腕で人間を憎むコバは攻撃を主張するが、シーザーは戦争による被害を懸念し、人間へ森へ近づかないよう警告するに留めるのだが、人類も生き延びる為森にダムを利用した水力エネルギー確保が必要だった。誠心誠意の交渉は身を結び共存共栄の道が開けたように見えたのだが・・・。
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